Bolt được sinh ra tại Trelawny, Jamaica, vào ngày 21 tháng 8 năm 1986 và lớn lên với bố mẹ anh, Jennifer và Wellesley Bolt, cùng với một anh trai và một chị gái Sherine.[4][5] Bố mẹ anh điều hành một cửa hàng tạp phẩm ở vùng nông thôn, còn Bolt thường dành thời gian chơi bóng đá và crickê với anh trai trên đường phố,[6] sau này anh cũng nói, "Khi còn bé, tôi thực sự không nghĩ đến gì khác ngoài những môn thể thao".[7]

Khi còn bé, Bolt nhập học trường tiểu học và trường học dành cho mọi lứa tuổi Waldensia, và chính tại đây, cậu đã lần đầu tiên bộc lộ tiềm năng chạy nước rút của mình, khi đại diện khu Waldensia tham gia chạy trong lễ hội hằng năm cho các trường tiểu học toàn quốc.[1] Đến năm 12 tuổi, Bolt đã trở thành vận động viên chạy nhanh nhất của trường ở cự ly 100 mét.[8]

Cùng với việc nhập học trường Trung học vinh danh William Knibb, Bolt tiếp tục chú tâm vào những môn thể thao khác, nhưng huấn luyện viên môn crickê của anh đã chú ý đến tốc độ trong những bước chạy băng về đích của Bolt và do đó đã khuyên anh tham gia những sự kiện điền kinh.[9] Pablo McNeil, nguyên là một vận động viên chạy 100 mét Olympic,[10] và Dwayne Barrett đã huấn luyện Bolt, và khuyến khích anh tập trung vào việc nâng cao những kỹ năng môn chạy. Ngôi trường Bolt học có một bề dày thành tích trong bộ môn điền kinh với những học viên cũ, trong đó có vận động viên chạy Michael Green.[1] Bolt giành được huy chương đầu tiên của giải chạy hàng năm cho các trường trung học vào năm 2001, là huy chương bạc ở nội dung 200 mét với thời gian 22,04 giây.[1] McNeil không lâu sau trở thành huấn luyện viên chính của Bolt, hai người đã có một sự phối hợp ăn ý, mặc dù McNeil từng đôi khi nản lòng bởi sự thiếu tích cực và nghiêm túc trong việc tập luyện của Bolt.[10]